Diplômé de la Sorbonne, Bernard Margueritte a commencé de travailler pour Le Monde en 1965 et a été son correspondant pour l'Europe de l'Est à Varsovie de 1966 à 1970. Expulsé de Pologne en 1971, il s'installe à Vienne. De 1975 à 1977, il est chargé de recherche à l'Université de Harvard. Il est retourné à Varsovie en 1977 en tant que correspondant de journaux et de radios français. Il est de nouveau à Harvard de 1993 à 1994 en tant que chercheur invité au Russian Research Center et au Center for Press and Politics. Il contribue fréquemment à la télévision et aux journaux polonais.
Ses articles sont parus dans le Monde, le Figaro et Politique Etrangère. Il est co-auteur de livres sur l'Autriche et la planification en Europe de l'Est et auteur d'un document de recherche intitulé The New Central Europe : the difficult birth of a free press, publié par l'Université de Harvard (1995).
Bernard Margueritte est devenu Président Adjoint du Forum International des Communications en 1996 et Président en 2001.